RNA molekül yapısının 3 boyutlu görseli oluşturuldu

Los Alamos ve uluslararası araştırmacılardan oluşan bir grup bilim insanı, kök hücre programlamasında oldukça kritik bir öneme sahip olan ve genomun 'karanlık maddesi' olarak da bilinen özel bir tür RNA molekülünün 3 boyutlu görsellerini oluşturmayı başardı.

Los Alamos Ulusal Laboratuvarı’nda yapısal biyolog olan Karissa Sanbonmatsu, bu gelişmenin önemini anlatmak için “Bu RNA’ları daha iyi anlamak, kardiyovasküler rahatsızlıklar ya da yaşlanma sebebiyle kalp sorunları yaşayan insanlar için yeni tedaviler oluşturulmasına öncülük edebilir”  ifadelerini kullandı.  

RNA yapısını oluşturmak

Ekipte yer alan Kanadalı Profesör Trushar Patel’e göre ekip, RNA molekülünün 3 boyutlu kaplamasını ortaya çıkarmak için Dar Açılı X Işını Saçılımı (SAXS) adı verilen bir tekniği kullandı. Ardından makine öğrenmesi ve yüksek performanslı programlamayla birlikte kaplamaların içerisine sığabilecek atomik modeller oluşturdular. 

Çalışmanın işleyişi hakkında konuşan Sanbonmatsu, “Çalışmamız, görüntülemesi zor 3 boyutlu yapılara sahip olan RNA’ları gösterme açısından bir ilk olma niteliği taşıyor. Üzerinde çalışılan RNA’ya ‘Braveheart’ (Cesur Yürek) adı veriliyor, kök hücrelerin kalp hücrelerine dönüşümünü tetikliyor” dedi.

2000 yılında insan genomu dizilenmeden önce, ağırlıklı olarak proteinler için direktifler içerdiği düşünülüyordu. Bilim insanları, genomların %10’undan daha az bir kısmının protein için dizilmiş olduğunu keşfettiğinde oldukça şaşırmıştı. O tarihten sonra kalan %90’lık kısımsa “atık DNA” ya da “karanlık madde” olarak isimlendirilmişti. 

Bilim insanları, RNA’nın asıl amacının protein sentezinde DNA’ya elçi olarak eşgüdüm sağlamak olduğunu varsayıyordu ancak yapılan son araştırmalarda genomun %90’ından fazlasının, “uzun, kodlanmamış RNA molekülleri” (lncRNA) adı verilen yeni ve gizemli bir RNA sınıfını kodladığı keşfedildi. 

Bu RNA molekülleri, genlerin açılması ya da kapatılmasının kontrolüne yardımcı oluyor. Oluşabilecek sorunlar ise doğum kusuru, otizm ve hatta bazı durumlarda kansere bile yol açabiliyor. Ayrıca yetişkin kök hücrelerin yeniden programlanmasında da kilit rol oynuyor.

Hasan Avcıoğlu - webtekno.com